离子阱质谱（ITMS）使用高电场对流出质谱仪末端毛细管柱的液滴进行充电。
在氮气流的作用下，液滴溶剂蒸发，表面积减小，表面电荷密度增加，直到产生库仑力。
液滴的表面张力达到瑞利极限，液滴破裂成带电液滴。
重复该过程，使得最终的液滴非常精细并喷涂。
此时，液滴表面上的电场非常强，分析物被电离。
它作为单个或多个电荷离子进入质量分析器。
离子阱质谱法从液相产生离子。
通常，通过液相色谱法分离肽的混合物，并将其与在线偶联的离子阱质谱法偶联，得到肽片段的准确氨基酸序列，但分析时间通常较长。
离子阱具有全扫描和选择性离子扫描功能，并具有离子存储技术。
它可以选择任何质量离子进行碰撞解离，实现二级或多级MSn分析。
然而，离子阱的全扫描和选择性离子扫描的灵敏度是相似的。
广泛用于蛋白质组学和药物代谢分析。
已经开发了许多用于离子阱质谱的技术以及其他分析仪器，例如气相色谱 - 离子阱质谱（GC-ITMS）和FTR-ITMS。
